Kořeny skupiny MALIGNANT TUMOUR sahají až na konec roku 1991, kdy se rozhodli, tehdy teprve patnáctiletý Martin "Bilos" Bílek a čtrnáctiletý Roman Restl založit kapelu. V raném stádiu byl jejich hudební projev řazen jako noisecore, kde primem pro členy byly pořádný hluk a legrace. Takto se kapela kategorizuje do příchodu bubeníka Libora Šmakali v průběhu roku 1992. Vzniklá trojice, ovlivněná značně světoznámou kapelou Carcass, změnila styl a začala hrát Grindcore. Texty byly zaměřeny na lékařsko-patologickou tématiku. V této sestavě pak vznikají první dema Cadaveric Incubator of Endo-Parasites (1993), Symphonies for Pathologist (1994) a Analyse of Pathological Conceptions (1995).

Po třech letech Libora Šmakala nahradil Michal "Cichoň" Cichý a Romana Restla na kytaru Otto "Oťas" Beran. Kapela vydala první split EP, a to Malignus Morbus split s Decomposed (1995), Forensic Clinicism - the Sanguine Article split s Immured (1996), Sick Sinus Syndrome split s Mastic Scum (1996), Swarming of Virulency split s Ingrowing (1996) a Hungry Urinary URN split s NCC/C.S.S.O./CUM (1996). Vychází i první split CD nosič Eat the Flesh... and Vomica se Squash Bowels (1997). Po té kapelu opustil Michal Cichý, který tehdy svůj interest věnoval spíše do kapely Cerebral Turbulency a následně odchází i Otto Beran, který stejně jako Michal svůj čas věnoval druhé kapele Needful Things.

Na pozici bubeníka se pak v roce 1997 objevuje Marek "Švejk" Pavlík a jako kytarista byl přijat Richard Chrobok. Současně dochází i ke změně tématiky v textech, kde se kapela ubírá směrem sociální kritiky. V textech tak poukazovali na nerovnoprávnost, homofobii, rasismus a globální systém, který zotročuje lidi po celém světě. Tehdejší tvorbu do jisté míry určoval vliv belgické skupiny Agathocles, což bylo poznat částečně i z jejich nahrávek. Skupina společně natočila demo Killing for Profit (1997), a následně pak splity EP Rock Stars - Money Wars s Death Infection (1997), EP Murder fot you to eat s Vomito (1998), Is this the Earth's Last Century? s Alienation Mental (1998) a první full EP Equality!? (1998). Koncem roku 1998 z kapely z kapely odchází Švejk a na jeho místo se na krátký čas vrací Michal Cichý. S ním pak kapela natočila 4 way split CD s Agathocles/Abortion/Din-Addict (1998). Cichoň byl po dotočení splitu nahrazen bubeníkem novým - Michalem "Kameněm" Kamínským.

Na začátku nového milénia z kapely odchází Richard Chrobok a na krátký čas ho nahrazuje Marek Marunič, se kterým natáčí split EP ...And Man Made the End s Agathocles (2000) a split EP Get to Attack s Unholy Grave (2000). Marek však po neschodách následně odchází. Bilos se tak vrací zpět na pozici kytaristy a baskytary se na jejich evropské tour ujme Petr "Dino" Šarina. Kapela však v období 2000 až 2001 celkem stagnuje.

Situace se začne měnit v době, kdy se Bilos stěhuje do zahraničí, do země tulipánů, kde nachází bubeníka Johana Smita a jeho bratra Jelleho, hrajícího na basu. Tato sestava opět oživí MALIGNANT TUMOUR a v roce 2002 vydává split EP Oegstgeest Grindcore s Intumescence. V roce 2003 pak vychází split CD In Oil We Trust. To podstatné se však děje poté téhož roku, kdy světlo světa spatří první full CD Dawn of the New Age. Na albu je slyšet opět žánrový přerod kapely, kdy je ve skladbách cítit hudební projev čirého crustcore. Album následně vyjde i na LP a kapela jej samozřejmě podpoří celou řadou koncertů. V polovině roku 2003 se pak Bilos vrací zpět do České republiky.

Po jeho návratu se Bilos ihned pouští do hledání nových členů a v polovině roku 2003 tak přichází do MT Robert Šimek na basu a Martin "Marsel" Ondrejka jako bubeník. V této sestavě se kapela začíná vyvíjet do hudení podoby, jak ji známe dnes, tedy do špinavého crust'n rollu. Ten byl cítit hned z prvního split EP Hammer and Anvil s Lycanthrophy (2004). O rok později za naprosto záhadných okolností zmizí Martin Ondrejka a za bubny se tak místo něj posadí David Ševčík. V roce 2005 pak kapela vydává druhé řadové CD s názvem Burninhell, které opět vyšlo poté i jako LP. Toto album bylo dokonce oceněno jako třetí nejlepší deska roku 2005 v anketě Břitva. Na albu se podílel i kytarista Martin "Korál" Vyorálek, který se v létě roku 2006 stal oficiálním členem MT. Společně pak nahráli materiál na split R'n'R Engine s kapelou Gurkha. Tento split byl taktéž zařazen do ankety Břitva a umístil se na krásném třetím místě v kategorii minialbum roku.

V polovině roku 2008 kapela vydává album In Full Swing (opět CD a LP), které sklízí u kritiků naprostou chválu. Album bylo nominováno i na cenu Anděl v kategorii Hard&Heavy, kde skončilo velice těsně na druhé pozici. V anketě břitva však získalo své první zlato! Stále více začíná veřejnost MALIGNANT TUMOUR svým stylem přirovnávat k legendárním Motörhead, což kapela stejnou měrou odmítá, avšak toto připodobňování vnímá jako opravdovou lichotku.

O dva roky později kapela nahrála v německém Stage one studiu další album, které vyšlo v roce 2010 s názvem Earthshaker. Album bylo poprvé nahráno s pomocí profesionálního producenta Andyho Classena a sklidilo opět velice kladný ohlas u kritiků. Za Earthshaker kapela následně dokonce získala Anděla za album roku v kategorii Hard&Heavy. V anketě Břitva se umístl tento počin na druhém místě.

V prosinci 2012 kapelu opouští bubeník David Ševčík a na jeho post do kapely zamířil Petr "Bohdič" Bohda. S ním v roce 2013 kapela nahrává album Overdose&Overdrive a vzápětí odjíždí na turné s americkou ikonou Possessed. Martin Van Drunen (zpěvák Pestilence a Asphyx) toto album označil jako nejlepší metalovou desku roku 2013. V roce 2014 vychází split EP Nación de Metaleros s mexickými Acidez. Podzim 2016 přivítá novou desku s názvem The Metallist, na které kapela soustavně pracovala více než rok a byla kritiky ohodnocena jako nejlepší produkt v celé historii kapely. Měsíc poté kapela vydává svůj první hraný polodokumentární film The Way of Metallist, který velice netradičním pojetím mapuje 25 let existence a historie kapely. Film byl zařazen do české filmové ceny Český lev.