Vznik Craniotomy sahá do roku 1998. Založil ho Roman Halmo (kytara) a Lukas Siska (bicí). Po sléze se přidává Rastislav Vary/Pigou (zpěv). V této sestavě se odehrává několik koncertů, pak se k bandě přidává kytarista Palo Ondris. V létě 2000 Craniotomy poprvé vjíždí do studia, kde se nahrává demo "And from flesh to bone", které později vyšlo jako MC u Akne Productions. Obsahuje 5 skladeb. Nasledovně odchází kytarista Palo a nahrazují ho Peter Szemenei (kytara) a Daniel Hanak/Sampon (basa).

V létě 2001 se opět v Exponent studiu nahrává 8 skladeb a o rok později se v MOONSET studiu dohrávají další tři skladby, které spolu vycházejí na jednom cd s názvem "Not cut out and it cant be eaten" u Grodhaisn productions.

Mezi vydáním cd z kapely odchází kytarista Peter. Craniotomy začíná naplno s koncerty zejména na Slovensku, v Čechách a v Německu. Po menších technických problémech a zpožděních v prosinci 2004 nahrává v MOONSET studiu druhé cd s názvem "Cut and piece for your hunger", které také vydává Grodhaisn Productions. Craniotomy odehrává kopec koncertů a festivalův Europe s kapelami jakoSuffocation, Nile, Vader, VomitRemnants, Belphegor, Grave, Necrophagist, Disgorge, Disavowedatd. Začátkem roku 2008 kapela opouští label GrodhaisnProd. A v červenci se pouští do nahrávání v MOONSET studiu svého třetího cd už s novým zpěvákem Wewerem, který krátce po nahravání odchází za prací do Holandska. V současnosti zpívá opět Pigou, ale Catharsis je nazpívaná jen s Wewerem. Nové album obsahuje 10 skladeb v délce 30:30 a vychází pod labelem Forensick musik.